Program studi Pendidikan Agama Islam Fakultas Agama Islam Universitas Islam Lamongan, yang disingkat dengan Prodi PAI FAI UNISLA, didirikan pada tahun 1979 sebagai embrio dari Universitas Islam Lamongan (Unisla). Awalnya, Prodi PAI FAI UNISLA adalah cabang dari Fakultas Agama Islam Universitas Sunan Giri (Unsuri) Jawa Timur. Pada tahun 1983, Prodi PAI FAI UNISLA mendapat ijin penyelenggaraan pendidikan sendiri dengan nama “Fakultas Agama Islam Universitas Sunan Giri (Unsuri) Jawa Timur di Lamongan” berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama No. Kep./E.III/PP.000.2/1303/83, tanggal 16 April 1983.

Kemudian, pada tahun 1989, Fakultas Agama Islam Universitas Sunan Giri (Unsuri) Jawa Timur di Lamongan berubah nama menjadi “Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah” (STIT) Sunan Giri Lamongan, dengan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 58 Tahun 1989, tanggal 11 Maret 1989. Pada tahun 2001, STIT Sunan Giri Lamongan kembali berubah menjadi Fakultas Agama Islam dengan Program Studi Pendidikan Agama Islam, sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Agama No.E/115/2001, tanggal 9 Mei 2001.

Terakhir, ijin penyelenggaraan Prodi PAI FAI UNISLA diperpanjang pada tahun 2011 berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI No. Dj.I/576/2011, tanggal 19 Maret 2011.

Program Studi Pendidikan Agama Islam memperoleh status terakreditasi dari BAN-PT pada tahun 2007 dengan nilai akreditasi B, berdasarkan Keputusan Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) Nomor: 028/BAN-PT/Ak.x/S1/XI/2017. Pada tahun 2013, Prodi PAI memperoleh akreditasi B berdasarkan SK BAN PT Nomor: 080/BAN-PT/Ak-XVI/S/VIII/2013.

Selanjutnya, pada tahun 2018, Prodi PAI memperoleh akreditasi terbaru dengan nilai B berdasarkan SK BAN-PT Nomor: 3539/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2018 yang berlaku sampai Desember 2023.