Program studi Pendidikan Agama Islam (PAI) merupakan program studi yang sudah terakreditasi B, dan melahirkan Sarjana Pendidikan yang bergelar S.Pd.
Program studi Pendidikan Agama Islam Fakultas Agama Islam Universitas Islam Lamongan yang disingkat dengan Prodi PAI FAI UNISLA berdiri pada tahun 1979, adalah embrio dari Universitas Islam Lamongan, pada awalnya adalah cabang dari Fakultas Agama Islam Universitas Sunan Giri Jawa Timur. Pada tahun 1983 mendapat ijin penyelenggaraan pendidikan sendiri dengan nama ”Fakultas Agama Islam UNSURI (Universitas Sunan Giri) Jawa Timur di Lamongan” dengan Surat Keputusan Menteri Agama No. Kep./E.III/PP.000.2/1303/83, tanggal 16 April 1983. Pada tahun 1989 berubah menjadi ”Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah” (STIT) Sunan Giri Lamongan,
dengan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 58 Tahun 1989, tanggal 11 Maret 1989. Pada tahun 2001 berubah menjadi Fakultas Agama Islam Program Studi Pendidikan Agama Islam dengan Surat Keputusan Menteri Agama No.E/115/2001, tanggal 9 Mei 2001 dan Ijin penyelenggaraan diperpanjang terakhir berdasarkan SK. Dirjen Pendidikan Islam Kementerian Agama RI No. Dj.I/576/2011, tanggal 19 Maret 2011.
Menjadi program studi unggul dalam pengembangan ilmu pendidikan agama Islam berbasis teknologi berlandaskan ahlussunnah wal jamaah An-Nahdliyah di tataran internasional tahun 2040.
